在生物信息学中,PBMC3K.h5ad是一种常用的单细胞RNA测序数据集,用于研究人类外周血单个核细胞(PBMC)的基因表达。
Clustering of single-cell multi-omics data with a multimodal deep learning method | Nature Communications
再前面两章,我们分别学习了发布订阅、观察者模式。恰巧最近再面试的过程中遇到了相关问题,于是在我略施拳脚后成功说服(shuì fú)了面试官。
本系列实验使用了PyTorch深度学习框架,相关操作如下(基于深度学习系列文章的环境):
本实验完成了Notears Linear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计。
本实验实现了计算图网络中节点的中心性指标,包括聚集系数、介数中心性、度中心性等
本实验实现了使用谱聚类(Spectral Clustering)算法进行聚类分析
本实验实现了HSIC LASSO(Hilbert-Schmidt independence criterion LASSO)方法进行特征选择,并使用随机森林分类器对选择的特征子集进行分类。
本实验完成了基因差异分析,包括数据读取、数据处理( 绘制箱型图、删除表达量低于阈值的基因、计算差异显著的基因)、差异分析(进行秩和检验和差异倍数计算)等,成功识别出在正常样本与肿瘤样本之间显著表达差异的基因,并对其...